Нормальная микрофлора кишечника представлена бактериями группы энтерококков, кишечной палочки, бактероидов, лакто- и бифидобактерий, а также условно-патогенными микроорганизмами (клебсиеллой, протеем, синегнойной палочкой, дрожжевыми грибами, цитробактером и др.). Последние, в случае количественного преобладания, вызывают развитие патологических изменений в кишечнике. Патогенные микроорганизмы (шигелла, сальмонелла) в норме в микробиоценозе кишечника не встречаются. При установлении причины развития симптомов, указывающих на поражение ЖКТ (боли в животе, диареи, частых позывов к дефекации, примеси слизи и крови в стуле), проведении дифференциальной диагностики инфекционных, воспалительных заболеваний кишечника, дисбиозов, подборе рациональной антибиотикотерапии, проводится посев кала на флору с определением чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам.