Отделяемое зева, носовой полости и пазух носа подлежит исследованию на предмет наличия и концентрации нормальной, условно-патогенной и патогенной флоры с целью выделения и определения видовой принадлежности возбудителей заболеваний верхних дыхательных путей, а также оценки их восприимчивости к антибиотикам и антисептикам для подбора наиболее эффективного внутреннего и наружного лечения инфекции.
ВДП могут населять как представители нормальной флоры, так и условно-патогенные: пневмококки, пиогенный стрептококк, гемофильная палочка, золотистый стафилококк, моракселла катаралис, грамотрицательные энтеробактерии, некоторые виды грибов рода Кандида и др. Последние на фоне иммунодефицита начинают активно размножаться и становятся причиной ринита, синусита, фарингита, тонзиллита, скарлатины. Для выявления патогена биоматериал сеют на питательные среды с последующей дифференциальной оценкой выросших колоний бактерий.